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热烈祝贺晶能客户Nature子刊发表GWAS新成果
发布时间:2014-08-18        浏览次数:158        返回列表
   来自重庆医科大学、电子科技大学等机构的研究人员,通过全基因组关联研究(GWAS)鉴别出了伏格特小柳原田综合征(Vogt-Koyanagi-Harada syndrome ,VKH)新风险位点。该GWAS研究成果于2014年8月10日已发表在《Nature Genetics》 杂志上。


本文的共同通讯作者是重庆医科大学附属第一医院的杨培增教授和任职于电子科技大学医学院和四川省人民医院的杨正林教授。杨培增教授是卫生部突出贡献专家,其擅长治疗各种顽固葡萄膜炎,如Behcet病、VKH综合征、交感性眼炎、视网膜血管炎、风湿病性葡萄膜炎等。杨正林教授是我国眼睛疾病基因研究领域的知名专家。


VKH综合征是一种累及眼部、听觉系统、脑膜和皮肤的自身免疫性疾病,是继白塞病之后较常见的全葡萄膜炎。眼部主要表现为脉络膜炎,脉络膜视网膜炎,视乳头炎,神经视网膜炎和肉芽肿性全葡萄膜炎,常伴有脑膜刺激征,听觉功能障碍,皮肤和毛发改变等全身性表现。患者常出现头痛、头昏、耳鸣,双眼视力下降,视乳头、视网膜出现水肿,浆液性视网膜脱离,后期可出现晚霞状眼底、脱发与白发、皮肤白癜等改变。
 

在本文中,作者通过GWAS研究在中国汉族人群中系统搜索了VKH综合征新的易感位点。在初筛阶段,研究人员分析了774例VKH综合征病例以及与之相匹配的2,009例健康对照的2,208,258个SNPs。在验证阶段,他们进一步对分别包含415例VKH综合征病例和2,006例健康对照,以及349例VKH综合征病例和1,588例健康对照的两组人群进行了验证。 作者由此发现了与VKH综合征易感性相关的3个位点:IL23R-C1orf141(rs117633859, Pcombined = 3.42 × 10−21, odds ratio (OR) = 1.82); ADO-ZNF365-EGR2( rs442309, Pcombined = 2.97 × 10−11, or  = 1.37); 和HLA-DRB1/DQA1( rs3021304, Pcombined = 1.26 × 10−118, or = 2.97)。 这项研究结果为VKH综合征的遗传学和生物学提供了更多的见解。


近年来,GWAS技术的发展通过成功鉴别新的遗传易感位点,帮助人们更深入地了解成百上千疾病的发病机制以往有研究从基因水平证实日本VKH患者主要与HLA-DRB1*0405密切相关,表明VKH综合征具有遗传易感性。目前,研究人员期望利用GWAS技术鉴别更多新的风险位点,以此获得更多关于VKH综合征的新认识。

文章中芯片实验都在晶能生物完成,并在致谢部分感谢晶能生物。

晶能推荐原文摘要:


 Genome-wide association analysis of Vogt-Koyanagi-Harada syndrome identifies two new susceptibility loci at 1p31.2 and 10q21.3


To identify new genetic risk factors for Vogt-Koyanagi-Harada (VKH) syndrome, we conducted a genome-wide association study of 2,208,258 SNPs in 774 cases and 2,009 controls with follow-up in a collection of 415 cases and 2,006 controls and a further collection of 349 cases and 1,588 controls from a Han Chinese population. We identified three loci associated with VKH syndrome susceptibility (IL23R-C1orf141, rs117633859, Pcombined = 3.42 × 10−21, odds ratio (OR) = 1.82;ADO-ZNF365-EGR2, rs442309, Pcombined = 2.97 × 10−11, or = 1.37; and HLA-DRB1/DQA1, rs3021304, Pcombined = 1.26 × 10−118, or = 2.97). The five non-HLA genes were all expressed in human iris tissue. IL23R was also expressed in the ciliary body, and EGR2 was expressed in the ciliary body and choroid. The risk G allele of rs117633859 in the promoter region of IL23R exhibited low transcriptional activation in a cell-based reporter assay and was associated with diminishedIL23R mRNA expression in human peripheral blood mononuclear cells.