| 设为主页 | 保存桌面 | 手机版 | 二维码
普通会员

晶能生物技术(上海)有限公司

高通量测序技术服务、基因芯片技术服务、数据分析服务、分子生物学服务

新闻中心
产品分类
联系方式
  • 联系人:晶能生物市场部
  • 电话:021-60901207/021-60901208-8003;400-720-8232
  • 邮件:market2@genenergy.cn
  • 传真:021-60901208*8016
您当前的位置:首页 » 招商代理 » 上海晶能生物:高通量测序服务-转录组层次服务
上海晶能生物:高通量测序服务-转录组层次服务
点击图片查看原图
浏览次数: 1429
招商区域: 上海
有效期至: 长期有效
最后更新: 2014-08-21 17:11
详细信息

高通量测序服务-转录组层次服务


1. 转录组测序


转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。
高通量转录组测序技术,无需了解物种基因信息,能够对任意物种进行转录组分析,并接测定每个转录本的片段序列,精确到单核苷酸的分辨率;动态达6个数量级,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本,以及检测基因家族中相似基因和可变剪接造成的不同转录本的表达;被广泛的应用于转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪切研究等),转录本变异研究(如基因融合、编码区SNP研究),基因表达水平研究以及全新转录本发现。


2. 新物种全转录测序


转录组de novo测序是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的转录组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装,最终获得该物种转录组序列图谱。


3. 均一化文库测序


均一化cDNA文库是指某一特定组织或细胞的所有表达基因均包含其中,且在cDNA文库中表达基因对应的cDNA的拷贝数相等或接近。构建均一化的cDNA文库的主流方法是基于基因组DNA在拷贝数上具有相对均一化的性质,通过cDNA与基因组DNA饱和杂交而降低在文库中高拷贝存在的cDNA的丰度;均一化处理后文库的高丰度表达 cDNA 是处理前的0.3%~2.5%,基本满足节约筛选的要求。
均一化cDNA文库具有以下4方面的优点:第一,在经济上具有广泛的应用空间,可以节约大量试验成本。第二,增加克隆低丰度mRNA的机会,适用于分析各种发育阶段或各种组织的基因表达及突变检测。第三,与原始丰度的mRNA拷贝数相对应的cDNA探针与均一化的cDNA文库作杂交,可以估计出大多数基因的表达水平及发现一些组织特异的基因。而以往的文库构建,忽略了mRNA丰度的影响。第四,可以用于遗传图谱的制作和进行大规模的原位杂交,作为优化的文库系统还可以用于大规模的测序或芯片制作等研究。


4. 长链非编码RNA测序


长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子,参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA的种类远远超过编码RNA,哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。
通过lncRNA高通量测序,研究人员能够快速高通量的获得其与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA的表达变化,从而极大促进lncRNA的深入研究。


5. 小RNA 测序


 Small RNA(micro RNAs、siRNAs和 pi RNAs)是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina Hiseq 2000能够对细胞或者组织中的全部Small RNA进行深度测序及定量分析等研究。实验时首先将18-30 nt范围的Small RNA从总RNA中分离出来,两端分别加上特定接头后体外反转录做成cDNA再做进一步处理后,利用测序仪对DNA片段进行单向末端直接测序。通过Illumina Hiseq 2000对Small RNA大规模测序分析,可以从中获得物种全基因组水平的small RNA图谱,实现包括新small RNA分子的挖掘,其作用靶基因的预测和鉴定、样品间差异表达分析、small RNAs聚类和表达谱分析等科学应用。


联系方式

 

上海总部:

地址:上海市漕河泾开发区漕宝路401号3号楼4B

免费热线:400-720-8232

电话:021-60901207/ 60901208-8003

传真:021-60901208-8016         

邮箱:market2@genenergy.cn

网址:www.genenergy.cn


北京办事处:

地址:北京市海淀区知春路甲48号盈都大厦C座4单元21D室

电话:010-58732166



全国免费服务热线:400-720-8232

0条  相关评论